فرهنگ سازمانی به عنوان مؤثرترین عوامل پیشرفت و توسعه سازمان ها، به مجموعه ای از ارزش ها، باورها و اعتقادات اساسی گفته می شود که بر نحوه ی ادراکات، تفکرات و واکنش ها نسبت به شرایط و موقعیت های متعدد محیطی، تأثیر می گذارد و عدم توجه به آن کارایی و اثربخشی سازمان ها را کاهش می دهد. پژوهش حاضر با مراجعه به آیات کلام وحی و اقوال مفسران و متخصصان قرآن پژوه و با بهره گیری از روش تحلیل مضمون، شاخص های مطلوب فرهنگ سازمانی در سازمان های آموزشی را مورد تجزیه وتحلیل قرار داده است. یافته ها نشان می دهد که فرهنگ سازمانی از منظر آیات نقش و کارکردهای اساسی در مدیریت و کارایی و اثربخشی سازمان های آموزشی داشته و مغفول ماندن از آن هزینه های مادی و انسانی فراوانی را برای نظام های آموزشی به همراه دارد. همچنین روشن شد که مهم ترین شاخص های فرهنگ سازمانی منبعث از وحی در سازمان های آموزشی، توحید محوری، آخرت گرایی، خودکنترلی، مسئولیت پذیری، امر به معروف و نهی از منکر و تعهد سازمانی است که در صورت التزام و پایبندی به آن ها تغییر و تحول اساسی در سازمان های آموزشی به وجود می آید چون فرهنگ سازمانی نقش کلیدی در ایجاد فضای معنویت و خودکنترلی و ارتقاء کیفیت سیستم آموزشی دارد.