هر علمی که در تلاش برای حل مجهولات است با روش خاصی مسیر خود را طی می کند. چهار روش اصلی برای کسب معرفت وجود دارد که هریک محدوده و قوت خود را دارا می باشد. ممکن است علمی از یک روش بهره ببرد و ممکن است علم دیگری از چند روش استفاده کند. چهار روش مذکور عبارتتند از: روش عقلی، روش نقلی، روش شهودی، روش تجربی. طبیعت موضوع علم می تواند معین کننده روش علم باشدو از طرفی اختلاف در روش ها می تواند موجب تعدد علوم شود. هر پژوهشگری از روش یا روش های خاصی برای حل مسائلش استفاده می کند. صدرالمتألهین نیز از این قاعده مستثنی نیست و برای حل مسائل فلسفی روش خاص خودش را دارد. سوال اصلی ما روش پژوهش در فلسفه ایشان است. ادعای ایشان استفاده از روش عقلی برای حل مسائل فلسفی است. عملکرد ایشان همین را تایید می کند اما بسیار در مسائل فلسفی می بینیم از شهود همگانی نیز بهره برده شده است. استفاده از دیگر روش های پژوهش در آثار ایشان در عرض استفاده از روش عقلی نیست. بلکه در جهت کمک به رشد مسائل فلسفی می باشند. در نهایت ایشان ولو اینکه از روش های دیگر نیز بهره برده است، مسئله را فلسفی ختم می کند و این کار یک فیلسوف است.