انجام تحقیقات جنایی در پرونده های مرگ در زندان، مستلزم رعایت شرایطی است تا در پرتو آن ها، شاکیان این پرونده ها بتوانند از حق شکایت کیفری خود بهره گیرند. در اسناد حقوق بشری، نظر به اهمیت رعایت حق سلامت جسمانی محکومان و بازداشت شدگان از سوی مقامات زندان، استانداردهایی چون اصل سرعت در انجام تحقیقات، استقلال آن و نیز مشارکت شاکیان در فرایند تحقیقات، پیش-بینی شده است. با این حال برخی نظام های کیفری، در عمل با ایجادِ نظام مندِ برخی موانع، دسترسی بازماندگان و بزه دیدگان مرگ در زندان به عدالت را محدود می سازند. به حاشیه راندن خانواده ها و وکلای بزه دیدگان به بهانه محرمانه بودن تحقیقات، فقدان ساختارهای سازمانی مستقل و غیروابسته برای انجام تحقیقات، و به طور کلی ایجاد موانع و اختلال در مسیر تحقیقات جنایی کارآمد، کشف حقیقت های پرونده های مرگ در زندان را با چالش های اساسی روبرو می سازد. پرسش اصلی این مقاله این است که اصول پذیرفته شده در ارتباط با تحقیقات جنایی این پرونده ها تا چه اندازه مورد پذیرش نظام عدالت کیفری ایران قرار گرفته است. یافته های این پژوهش نشان می دهد رعایت استانداردهای موردبحث در پرونده هایی که تحقیقات مربوط به آن به طور انحصاری توسط نظام قضایی انجام می پذیرد در مقایسه با پرونده هایی که از دخالت فراقوه ایِ کمیته های ویژه دولت و مجلس در انجام تحقیقات برخورداند دارای اختلافی معنادار هستند.
