در فرایند مبارزه با تروریسم، کارکرد دو نوع محکمه کیفری بین المللی قابل بررسی است. اگر دیوان کیفری بین المللی درآینده بتواند واجد صلاحیت رسیدگی به تروریسم باشد، در آن صورت علیرغم رعایت اصل حاکمیت دولتها در پرتو اصل صلاحیت تکمیلی و تثبیت برخورد کیفری نهادینه با تروریسم، مسائلی نظیر آستانه بالا برای اعمال صلاحیت و عدم همکاری احتمالی کشورهای غیر عضو می تواند مشکل ساز باشد. در صورتی هم که دادگاه مختلط نظیر شعبه ویژه لبنان برای برخورد کیفری با تروریسم ایجاد شود، علیرغم توسعه مشارکت محلی و ارتقاء ظرفیت و توانائی نظام قضائی ملی، مواردی همچون تعدّد مراجع قضائی می تواند مطرح باشد. هر دو نوع محکمه با کاستی هائی مواجهند که در مواردی می تواند منجر به عدم موفقیت در فرایند مبارزه با بی کیفری در حوزه تروریسم شود. به منظور پرکردن خلاءهای احتمالی موجود، مطلوب است که بین آن ها هم زیستی، تعامل و همکاری وجود داشته باشد.
