یکی از موضوعاتی که در شریعت اسلامی، بحث های مفصلی را به خود اختصاص داده است، چگونگی حلّ منازعات در مواردی است که هر دو طرف درگیری، مسلمان هستند. ماهیت و انگیزه درگیری های مسلمانان ممکن است متفاوت و گوناگون باشد. آن چه نگارنده در این مطالعه به آن پرداخته است، مواردی است که گروهی از مسلمانان با حکومت اسلامی یا ساختار سیاسی مستقر اسلامی دچار چالش بوده و ماهیت و انگیزه درگیری ها هم سیاسی است. این درگیری ها با عنوان «بغی» و مقابله با آن، ذیل «جهاد با باغیان» مورد بررسی قرار گرفته است. فرضیه این تحقیق آن است که دکترین مقابله با بغی و راه حل هایی که برای منازعات سیاسی داخلی در اسلام پیش بینی شده است با تکیه بر برادری همه مسلمانان، مبتنی بر صلح، مدارا و موازین انسانی است. این مطالعه ضمن تبیین آموزه های شریعت اسلامی در این زمینه، با بررسی اجمالی تحولات حقوق کیفری ایران، نتیجه گرفته است که سیاست کیفری ایران در این زمینه، به شکل آشکاری با گفتمان شریعت اسلامی متفاوت بوده و در قانون مجازات اسلامی سال 1392 نیز هرچند تغییری در ادبیات قانونگذار مشاهده می گردد، اما در همگامی با سیاست کیفری اسلامی، توفیقی حاصل نشده است.
