با اثبات اصالت وجود و اعتباریت ماهیت توسط ملاصدرا، وجود محور بحث ها قرار گرفت؛ اما رسوبات مباحث ماهوی همچنان در میان این مباحث به چشم می خورد. ملاصدرا بر مبنای اصالت وجود و نیز تحلیل رابطه علّی و معلولی، تقسیمی دو ضلعی از وجود ارائه کرد و بر اساس آن وجود را به رابط و مستقل تقسیم نمود. وجود معلول یا رابط، عین ربط و تعلق به علت خود به شمار می رود و در واقع یک حقیقت حرفی و ربطی است و هیچ گونه استقلالی از خود ندارد. این تحلیل، پیامدهایی در مباحث فلسفی خواهد داشت؛ از جمله اینکه وضعیت ماهیت به کلی دگرگون می شود؛ زیرا تمام وجودات ممکن که ماهیت از آن ها انتزاع می شود، مصداق وجود رابط خواهند بود و استقلالی نخواهند داشت. در این صورت دیگر نمی توانند در جواب چیستی اشیا بیایند؛ زیرا تا چیزی استقلال وجودی یا مفهومی نداشته باشد، شایستگی ندارد تا در جواب ماهو بیاید. این به معنای حذف ماهیات و اندراج آن ها در حوزه مفاهیم است. ماهیت به معنای «ما یقال فی جواب ما هو» مستلزم استقلال در مفهومیت است، در حالی که حقیقت ربطیِ ممکنات این استقلال را از آن ها سلب می کند. در نتیجه آنچه درباره ماهیات گفته می شود، به مفاهیم استناد می یابد. ماهیت به معنای «ما به الشیء هو هو» نیز به کار می رود که بر مبنای اصالت وجود، تنها شامل وجود می شود و از حیطه ماهیت خارج است.
