خشکسالی از جمله مخاطرات طبیعی موقتی است، که در بیشتر نواحی جهان ظهور می کند و به سرعت به شکل تهدید منابع آب خودنمایی می کند. این پدبده در نواحی خشک و نیمه خشک شدت بیشتری دارد. کاهش غیر منتظره در میزان بارش نرمال، هر منطقه سبب بروز خشکسالی می شود. تداوم خشکسالی بر منابع آبی، کشاورزی و اقتصاد منطقه اثر منفی می گذارد. اگر خشکسالی باعث کاهش رواناب، افت سطح آب سفره های زیر زمینی و کاهش دبی این منابع شود، خشکسالی هیدرولوژیکی بروز خواهد کرد. از آن جا که رودهای دایمی در حوضه مورد مطالعه وجود ندارد. منابع آب آن وابسته به قنات ها، چشمه ها و چاه های حوضه بوده که به شدت از تغییرات بارش اثر پذیرند. هدف این تحقیق بررسی خشکسالی در حوضه مرکزی گناباد (از زیر حوضه های دشت لوت) و آثار آن بر منابع آب این حوضه می باشد. برای تعیین خشکسالی و شدت آن شاخص های زیادی در نظر گرفته می شود، ولی در این تحقیق با استفاده از دو شاخص درصد از نرمال و انحراف از استاندارد بارندگی، بروز خشکسالی و تداوم آن مورد بررسی قرار گرفته، همچنین نقش باران های 48 ساعته در تشدید اثر خشکسالی بررسی شده است. سپس با استفاده از چهار شاخص افت سطح آب سفره های زیر زمینی در طول دوره 20 ساله، کاهش دبی، تعداد کف شکنی در چاه های حوضه و کاهش تعداد منابع آب، اثرات خشکی بر منابع آبی حوضه بررسی گردیده است. تداوم خشکسالی در این حوضه که از سال 1378 تا سال 1381 شدت بیشتری داشته و بر منابع آبی آن اثر گذاشته و باعث ایجاد خشکسالی هیدرو لوژیکی در حوضه مورد مطالعه شده است. نتایج آشکار ساخت طی این دوره خشکسالی منجر به کاهش آب دهی در قنات ها، به مقدار 48 درصد در چاه ها، به مقدار 40 درصد و در چشمه ها به مقدار31 درصد شده است.
