به دلالت صریح برخی آیات الهی، فرعون در آخرین لحظات عمرش توبه کرد. ابن عربی توبه او را مقبول دانسته و معتقد است باایمان از دنیا رفته است. امام خمینی معتقد است توبه فرعون مردود بوده و با حالت کفر دنیا را ترک کرده است. ابن عربی معتقد است فرعون قبل از غرق شدن توبه کرد و چون قبل از اینکه گناهی کند، قبض روح شد، پس نه تنها مؤمن، بلکه مؤمن پاکیزه از دنیا رفته است. به عقیده او کلام نرم حضرت موسی و هارون(ع) در فرعون اثر کرد و متذکر و خاشع شد و این دلالت بر قبولی ایمان او دارد؛ زیرا تذکر و خشیت در زمان دعوت صورت گرفته که در دنیا بوده است. اما امام خمینی معتقد است فرعون بعد از اینکه متوجه شد به زودی غرق مى شود، توبه کرد و توبه هنگام مرگ پذیرفته نمی شود. ایشان همچنین دستور الهی مبنی بر کلام نرم حضرت موسی و هارون(ع) با فرعون را نه به خاطر متذکر و خاشع شدن فرعون، که برای مصالحی همچون تأثیر بر اطرافیان فرعون دانسته اند.