شورای عالی اداری بر اساس قوانین برنامه اول، دوم، سوم و چهارم توسعه و ماده (115) قانون مدیریت خدمات کشوری، از سوی مقنن دارای صلاحیت هایی شد که از جمله آن ها اصلاح ساختار تشکیلات دستگاه های اجرایی از طریق ادغام و انحلال بود. در این راستا، شورای مذکور مصوباتی داشته است که برخلاف اصول و موازین حقوقی، احکام مقنن، نظرهای شورای نگهبان و هیأت عمومی دیوان عدالت اداری وضع و تصویب شده اند. عدم توجه و دقت مجلس در وضع احکام گوناگون و ظاهراً متعارض و برداشت و تفسیر موسع از این احکام سبب شد که قوانین مصوب مجلس دست خوش اصلاح شوند که به منظور رفع این ایراد درسال 1386 مقنن به صراحت ادغام و انحلال دستگاه های اجرایی را جزء صلاحیت تقنینی خود برشمرد و مرز تفکیک بین صلاحیت های قوای مقننه و مجریه را تعیین کرد. با این حال شورای مذکور مجدداً در مصوبات خود به تأسیس، ادغام و انحلال دستگاه های مذکور ادامه داد تا این که مقنن در قانون اصلاح ماده (53) قانون برنامه پنجم توسعه مصوب 1391 به صلاحیت تقنینی مجلس دراین خصوص تصریح نمود.
