با ظهور و تثبیت مسلکِ نو ظهور شیخیه در کرمان، از آنجا که مؤسس و دیگر رهبران این طریقه با دولت قاجاری ارتباط خویشاوندی داشتد لذا بر اقتدار محلی آنان در عرصه سیاست در این شهر افزوده شد. خاندان ابراهیمی شیخی مذهب تنها به عنوان یک گروه مذهبی در کرمان به شمار نمی آمدند بلکه به سبب نفوذی که در بین حکام قاجاری داشتند با حضور خود در تشکیلات اداری و در اختیار گرفتن برخی مناصب حکومتی کرمان، بر تحولات سیاسی آنجا تأثیر گذاردند. از این رو هر یک از پادشاهان و حکام قاجاری به فراخور علاقه مذهبی و موقعیت شان و برای حفظ توازن وجلوگیری از اختلافات بین گروه های مذهبی موجود «شیخیه و متشرعه» در کرمان سیاست های مذهبی متفاوتی را در برابر خاندان شیخی مذهب ابراهیمی در پیش گرفتند. در دوره زمامداری مظفرالدین شاه به سبب گرایش های این شاه قاجاری به شیخیه، اختلافات مذهبی و عقیدتی بین دو گروه شیخیه و متشرعه در کرمان به اوج رسید آن چنان که روابط بین این دو گروه شیخی و متشرعه به نزاع عقیدتی مبدل گردید. این موضوع چنان اهمیتی داشت که خود یکی از اسباب ظهور انقلاب مشروطه به شمار می رود.
