دانش همراه با روش متولد میشود؛ از اینرو برای تولید علم، بویژه در علوم انسانی، شناسایی روش، مهم و ضروری است. بطور کلی تمامی علوم انسانی از مبانی فلسفی متأثر هستند؛ یعنی اگر کسی بلحاظ فلسفی الهیاندیش باشد، علوم انسانیش هم رنگ و بوی الهی میگیرد و اگر مادیاندیش باشد، علوم انسانیش رنگ و بوی مادی پیدا میکند. البته بصرف اینکه یک محقق و دانشمند الهی باشد، علوم انسانی تولید شده توسط او الهی نمیشود، بلکه جهت تحقق این امر باید برای تولید نظریه علاوه بر تجربه، از عقل و وحی و شهود نیز استفاده کند.
امام خمینی(ره) یکی از پیروان حکمت متعالیه است که توانسته بخوبی از عهده این مهم برآید. ایشان، نقل و کشف و عقل را برسمیّت میشناسد و از این سه سبیل، در یک صراط استفاده میکند. از آنجا که روش شناسی مبتنی بر شناخت شناسی است، امام خمینی(ره) نقل را برتر از عقل و کشف میداند، اما اگر ظواهر نقل با براهین مسلّم عقلی ناسازگاری داشته باشد ، ظواهر شرع را به کناری مینهد و ضمن آنکه معتقد است عرفان به مناطقی راه دارد که عقل از راه یافتن به آن وادی معذور است، یافته های سرة عرفانی و عقلانی را قبول دارد و بر این باور است که نباید در فلسفه «کشف» را بجای «عقل» نشاند. بنظر میرسد وی در روش و محتوا به ملاصدرا وفادار است؛ برخلاف برخی دیگر از حکمای حکمت متعالیه، همچون علامه طباطبایی که در روش، سینایی و در محتوا صدرایی است.