وجود ذهنی و علم در بعضی از امور نفسانی با یکدیگر مشترکند . تفاوت مساله وجود ذهنی و موضوع علم بحث دقیقی دارد و در پرتو آن روشن می شود که وجود ذهنی در سایه علم ( نه معلوم خارجی ) که وجود خارجی دارد، جایگاهش در نفس است و از این جهت، وجود ظلی نامیده می شود . ملاصدرا تلاش کرده تا مساله وجود ذهنی و علم را به گونه ای از هم جدا سازد و در کتاب هایش مرزهای هر کدام را مشخص کند. وی در کتاب اسفار خود مساله وجود ذهنی را در باب امور عامه مطرح کرده و آن را از تقسیمات اولی وجود به شمار آورده است. با این بیان که « الموجود اما خارجی و اما ذهنی » و بحث علم را در مرحله دهم کتاب اسفار در جلد سوم مطرح ساخته و فرموده است: « من عوارض الموجود بما هو موجود .... هو ان الموجود اما عالم او معلوم » . ملاصدرا وجود ذهنی را ظل علم می داند و معتقد است علم وجود خارجی است و وجود ذهنی در سایه علم به وجود می آید. بین علم و وجود ذهنی تفاوت جوهری وجود دارد؛ علم وجودی اصیل است، ولی وجود ذهنی، وجودی ظلی است. بین علم که امری نفسی، و وجود ذهنی که امری قیاسی است، تفاوت است؛ لذا هر یک از این دو امر بخشی از فلسفه را اشغال کرده اند. تفاوت علم با وجود ذهنی از حیث نشاه وجود است، نه از لحاظ اعتبار و حیثیت.
