معضل شر و مسئله ی معجزه، از مسائل فلسفه ی دین است که در غرب و شرق موجب پیدایش انواع چالش های جدی گردیده است. کلر معجزه را به مثابه ی معضل دانسته است و آنرا به منزله ی مسئله سوم شر مطرح ساخته است. کلر دو هدف کلی را برای معجزه ازهم متمایز می سازد:برخی معجزات معرفتی و برخی دیگر عملی هستند. به باور کلیر، احتمال وقوع معجزات به هر دو معنای مسئله ی شر را تقویت کرده و با توجه به صفاتی همچون قادر و عالم مطلق و نیک-خواهی محض خداوند آن را به یک معضل تبدیل می کند. ازنظر متکلمین مسلمان اولا معجزه از جهت خرق عادت هر چند با روش مرسوم علوم تجربی نوین وفهم متعارف که گاهی ازآن به قوانین طبیعت تعبیر میشود، قابل تبیین نیست، ولی با این وجود اینکه مدعی شود معجزه باید قانونی از قوانین طبیعت را نقض کند، آنگونه که در تلقی متفکران جدید مغرب زمین رایج بوده است، ضروری به نظر نمیرسد، زیرا معجزه صرفا با قوانین علوم تجربی وبا تجربه عادی وروزمره انسان مخالف است، نه اینکه خارج از قانون وقواعد عقلی-فلسفی باشد. ثانیا، معجزه حجت عمومی خداوند است و آن نه تنها برای فرزانگان سودمند است، بلکه برای همگان مفید وحجت آن غیر قابل انکار است.