در این مقاله سه گزارش سیاسی درباره میرزای نائینی، با روش تاریخی (توصیفی و تحلیلی) مورد پژوهش قرار گرفته است: 1. روابط نزدیک و صمیمی میان میرزای نائینی با سید جمال الدین اسد آبادی؛ 2. صدور اجازه از سوی میرزای نائینی برای اعدام شیخ فضل الله نوری و جعل تلگراف به نام آخوند خراسانی؛ 3. تشکیل جلسه با محوریت آخوند خراسانی جهت تصمیم گیری درباره ملاقربانعلی زنجانی که براساس آن، میرزای نائینی به لزوم اعدام ملاقربانعلی نظر داد و در تلگراف آخوند مطالبی اضافه کرد. نتایج تحقیق درباره این سه گزارش چنین است: 1. اصل آشنایی و ارتباط میان سیدجمال و میرزای نائینی صحیح است؛ اما وجود «رابطه بسیار صمیمی و گرم» میان اسدآبادی و نائینی و رفت و آمد مکرر سیدجمال نزد نائینی، نادرست و دست کم محل تردید است؛ 2. گزارش دوم از اساس کذب و دروغ است؛ 3. درباره محتوای گزارش سوم، همانند گزارش اول، باید تفکیک قائل شد. بخشی از مطالب آن، که به نوعی در برخی منابع دیگر نیز آمده، صحیح است؛ اما بخشی دیگر از آن قابل تردید و انکار می باشد. براین اساس، اینکه میرزای نائینی نظرش بر اعدام ملاقربانعلی بود و در تلگراف آخوند مطالبی اضافه کرده بود، پذیرفته نیست.
