هندسه عامل بسیار مهمی در سازماندهی ساختار کالبدی بناهای عبادتگاهی با توجه به نحوه تفکر هر مکتب می باشد که به چگونگی حضور و رفتار انسان در فضای عبادی جهت می دهد. این مقاله در صدد یافتن ریشه های مذهبی موثر در هندسه ساختار کالبد عبادتگاههای اسلام و مسیحیت می باشد. در ابتدا یکی از مباحث مهم هندسه یعنی هندسه اشکال با پیگیری ریشه های دینی آنها در دو مکتب و چگونگی بروز آنها در معماری مسجد و کلیسا به صورت جداگانه بررسی شده است و در نهایت تلاش شده است تا مباحث اصلی مطرح شده در دو مکتب با هم قیاس شوند. به عنوان نمونه موردی مورد بررسی نیز کلیسای سرکیس مقدس تهران از نظر چگونگی تجلی مبانی مذهبی در شکل گیری ساختار هندسی پلان، مورد واکاوی قرار گرفته است. برای انجام این پژوهش از رویکرد تطبیقی با روش توصیفی تحلیلی و استدلال منطقی برای بررسی شباهت ها و تمایزات هندسه در ساختار مسجد و کلیسا استفاده شده است و سپس تلاش شده است تا ریشه های مذهبی مسیحی مربوط به ساختار هندسه بنا در کلیسای سرکیس مقدس تهران مورد واکاوی قرار گیرد. براین اساس مشخص گردید که, اصل کلی در مکتب اسلام, اصل توحید است که این وحدت با کثرت موجودات رابطه علت و معلولی داشته و ظهور هندسی آن در تمامی اجزای بنا مشاهده میگردد. این مفهوم اساسی در عین حال با شکل مربع پلان مسجد که به دایره ای در سقف منتهی میشود, اهمیت حضور انسان در فضای غیرمرکزگرا و غیرمحورگرایی که به دلیل اهمیت توامان موعظه و عبادت فردی در اسلام در بسیاری موارد از فرم مربع خارج شده و به سمت مستطیلی بدون کشش و محور توسعه یافته است. اما در باور مسیحیان توحید مبتنی بر تثلیث می باشد که مسیح(ع) و در نبود او قدیسان در فضای کلیسا نقش میانجی میان عالم کثرات موجودات و وحدت خداوند را ایفا میکنند. فرمهای جهت دار, تقاطع اشکال, محاط شدن پلان در دایره و تناسبات استفاده شده در معماری کلیساها نیز همه در جهت تحقق این اصل کلی شکل گرفته اند.