از دیدگاه آیت الله معرفت، منابع تفسیر قرآن عبارت اند از قرآن، سنت معصومان:، عقل برهانی و علم تجربی و چون «منهج تفسیری» هر مفسر، پیوندی تنگاتنگ با دیدگاه او درباره «منابع تفسیر قرآن» دارد، می توان منهج تفسیری ایشان را «منهج اجتهادی جامع» نامید که دربردارندهٴ «تفسیر قرآن با قرآن»، «تفسیر قرآن با سنت»، «تفسیر قرآن با عقل برهانی» و «تفسیر قرآن با علم تجربی» است. آیت الله معرفت، تفسیر قرآن با قرآن را بهترین و متقن ترین راه فهم قرآنمی داند. ایشان نقش معصومان: را نیز در تفسیر قرآن نقش آموزشی و راهنمایی به راه های تفسیرمی داند. به نظر ایشان، استفاده روشمند از منبع عقل در تفسیر ضروری است و گسترش علم و فلسفه از عوامل مؤثر در فهم قرآن است. از نظر آیت الله معرفت، تفسیر قرآن با کشف و شهود عرفانی، فاقد اعتبار است؛ اما اگر تأویلات اهل عرفان جنبه «استشهاد» داشته باشند نه «استناد»،می توان آنها را از باب «تداعی معانی» پذیرفت. آرای تفسیری صحابیان را با قیود و شرایطیمی توان پذیرفت. آرای تفسیری تابعیان نیز تنها در حد مؤید و شاهد اعتبار دارند و تنها برای توانمندسازی مفسر در استنباط از قرآن راهگشایند. تفسیر به رأینیز ازآن رو که «تحمیل» رأی بر قرآن است نه «تفسیر قرآن»، فاقد اعتبار است.