از منظر سازمانی مدیریت قضایی به معنای نهاد و ساختاری است که به موجب قوانین و در جهت برقراری عدالت ایجاد شده اند، که در معنای کلی تر کلیه نهادهایی را شامل می شوند که نه برای ایفای عدالت، بلکه به منظور مدیریت دستگاه قضایی ایجاد شده اند، مانند وزارتخانه ها و شوراهای قضایی. در کشورهای عضو اتحادیه اروپا سه مدل عمده متمرکز، نیمه متمرکز و خودمختار در اداره قوه قضاییه وجود دارد که مهم ترین مدل، اداره شورای و غیرمتمرکز قوه قضاییه است. ایده اولیه و اصلی ایجاد شوراهای قضایی در اتحادیه اروپا، جدا نگه داشتن قضاوت و فرایندهای قضایی از فشارهای سیاسی و بیرونی به ویژه قوه مجریه بوده است. شوراهای قضایی ابزاری برای حفظ و ارتقای استقلال قضایی از طریق گرفتن اختیار انتصاب قضات از قوه مجریه و سپردن آن به نهادی متشکل از قضات منتخب، نمایندگان سایر قوا و حقوقدان بوده است که امروزه گرایش روزافزونی در بین کشورهای اتحادیه اروپا در جهت اداره شورایی و غیرمتمرکز دستگاه قضایی دیده می شود. در نظام قضایی جمهوری اسلامی ایران، با توجه به ضروریات فقهی و شئون ولایت امر، ولایت بر قضا از جمله مناصب و شئون ولی فقیه قرار دارد، ازاین رو قوه قضاییه باید از طریق ولی فقیه و اذن وی اداره شود. در این بین باید گفت که اگر قبل از بازنگری قانون اساسی، تمهیدات مدیریت شورایی قوه قضاییه از نظر ترکیب، شرایط انتخاب شوندگان، ساختار و... ، با شرایط بهتر و سنجیده ای در نظر گرفته شده بود، عملکرد مطلوب تری به جای می گذاشت. به هر روی تجربه ده ساله مدیریت شورایی در نظام حقوقی جمهوری اسلامی ایران، چندان موفق نبود و مدیریت متمرکز پس از بازنگری کاستی های مدیریت شورایی را تا حد زیادی جبران کرد.
