تخصصی و پیچیده بودن کشف و اثبات قاچاق کالا ، مقابله مؤثر با مرتکبین آن از طریق اعمال سریع و حتمی مجازات و بازگرداندن سریع حقوق از دست رفته دولت به خزانه کشور ودر عین حال، حمایت از سرمایه گذاری سالم و کمک به گشایش و رونق اقتصادی در کشور، در کنار آثار زیانبار اقتصادی و اجتماعی و فرهنگی قاچاق کالا که حاکمیت را به چالش می کشاند، از مهم ترین ضرورت های پیش بینی مقررات ویژه برای رسیدگی به پرونده های قاچاق کالا می باشد.اما، برخی از این مقررات ویژه وجلوه های افتراقی شدن مانند اعطای صلاحیت رسیدگی به سازمان تعزیرات حکومتی و حذف نهاد تعقیب از فرایند رسیدگی به موارد در صلاحیت آن سازمان، تعیین محدودیت زمانی ده روزه برای ارایه مدارک مثبته گمرکی از سوی متهم و یک ماهه جهت صدور رای از سوی مرجع رسیدگی کننده ، گزارش قاچاق قبل از بررسی مدارک گمرکی و قابل فرجام خواهی نبودن آرای شعب تجدید نظر، از تحقق اصول و تضمینات دادرسی منصفانه از جمله اصل دسترسی به دادگاه، اصل استقلال و بی طرفی مرجع رسیدگی کننده، اصل برائت، اصل برابری سلاح ها و نیز ازاعمال برخی حقوق دفاعی متهم مانند حق داشتن فرصت و امکانات کافی برای تدارک دفاع و حق اعتراض به رای در موارد تجویز اعاده دادرسی، مانع شده است. این مقاله پس از شناسایی جلوه های افتراقی دادرسی قاچاق کالا در مقررات حاکم و سپس تطبیق مهم ترین آن ها با اصول دادرسی منصفانه، مواردی را آن اصول با اتخاذ رویکرد افتراقی، نادیده گرفته شده، مشخص و اصلاحات ضروری را پیشنهاد می نماید.
