هر چند مفهوم «فنا» و مشتقات و لوازم آن از مفاهیمی است که در عرفان اسلامی پدید آمده، اما در فضای تفکر اسلامی، دیری نپایید که این مفهوم به فلسفه نیز راه یافت و فلاسفة اسلامی با نگاه هستی شناسانة خود، به تفسیر و نقد و حل آن پرداختند. به همین سبب صدرالمتألّهین در نظام فلسفی خود زمانی به مسئلة «فنا» می پرداخت که پیش از او دو مکتب فلسفی «مشّاء» و «اشراق» تلاش هایی را در تبیین هستی شناسانة فنا انجام داده بودند . در این میان، ملاّصدرا ادعا می کند که احدی از فلاسفة اسلام پیش از او نتوانسته اند گره مسئلة فنا را – آن گونه که عرفا گفته اند - بگشاید. از دیدگاه او، حل این مسئله منوط به تبیین صحیح صیرورت وجودی است. صیرورت وجودی و تبدل ذات ریشه در اصل «اتحاد عاقل به معقول» و «اتحاد با عقل فعال» دارد. از سوی دیگر ملاصدرا به وحدت شخصی وجود معتقد است؛ یعنی محتوای شهود فانی فی الله، در هنگام فنای ذاتی را پذیرفته است. از این رو، راه برای تبیین فنا در دستگاه فلسفی او هموار است.
