کتاب «نگاهی به تاریخ تفکر امامیه از آغاز تا ظهور صفویه» در عین دارا بودن نکات مثبت و شایان تقدیر، دارای اشکالات و نکات قابل نقدی است که در این نوشتار، نمونه هایی از آنها بررسی شده است؛ از جمله: نگرشی سطحی و روشن فکرمآبانه به تاریخ تشیع همراه با نوعی پیش داوری؛ برخی ادعاهای بدون دلیل و مدرک؛ ذکر برخی روایات شاذ و نادر در مقابل روایات مشهور، و احیاناً ذکر سخنان مخالفان شیعه و دیدگاه های خلاف نظریة رایج شیعه. از دیگر اشکالات محتوایی این کتاب، تشکیک در وجود بعضی باورهای موجود شیعه در قرون اولیه به ویژه قرن اول هجری است. همچنین چنین وانمود شده که پیدایش تشیع منشأی عرفی و نه الهی داشته است و این گونه به ذهن می آید که اصولی همچون اعتقاد به نص، عصمت و تبرّی از دشمنان اهل بیت علیهم السلام دست کم در قرن اول نزد پیروان اهل بیت علیهم السلام مطرح نبوده است!
