از مهم ترین اهداف توسعه ی گل خانه ها در کشور، افزایش بهره وری تولید و بالا بردن کارایی مصرف آب است. برای رسیدن به این منظور، در این تحقیق با استفاده از روش تحلیل پوششی داده ها، کارایی آب مصرفی واحدهای گل خانه ای سیستان در سال 1387 بررسی شد. افزون برآن، عوامل موثر بر کارایی مصرف آب با استفاده از الگوی رگرسیون توبیت بررسی شد. نتایج نشان داد میانگین کارایی در واحدهای گل خانه ای مورد مطالعه در شرایط بازده ثابت و متغیر نسبت به مقیاس به ترتیب 63 و 87 درصد است. میانگین کارایی آب آبیاری نیز در شرایط بازده ثابت و متغیر نسبت به مقیاس به ترتیب 49 و 71 درصد بود. بر اساس نتایج متغیرهای سن، تحصیلات، تجربه و منبع تامین آب اثر مثبت و متغیر اندازه ی زمین اثر منفی بر کارایی آب آبیاری در شرایط بازده متغیر نسبت به مقیاس داشت. با توجه به یافته ها، به نظر می رسد یک سیاست قیمتی آب آبیاری مناسب و کلاس های ترویجی در به بود عمل کرد واحدهای مورد مطالعه موثر باشد.