برای سازمان دهی پژوهش های اقتصادی حول محور کشاورزی پایدار نه تنها شناخت محدودیت های توسعه ی کشاورزی در حال حاضر، بلکه پیش بینی عوامل تهدید کننده ی کشاورزی پایدار در آینده نیز لازم است. تهیه ی برنامه ی پژوهش های اقتصادی صرفا بر منبای شرایط کنونی حاکم بر نظام های کشاورزی به منزله ی نادیده گرفتن آهنگ رشد جمعیت، کاهش کمی و افت کیفی منابع پایه، تقاضای آینده به انرژی های جای گزین انرژی فسیلی و دیگر واقعیت های اقتصادی – اجتماعی آینده است. نظام های کشاورزی پیش رفته و پر بازده ی کنونی برای تولید کودهای شیمیایی، سم های دفع آفت ها، تامین آب کشاورزی، انجام عملیات زراعی، فرآوری، حمل و توزیع مواد عذایی به شدت به سوخت های فسیلی وابسته اند. این وابستگی به منابع در حال تحلیل، پایداری این نظام ها را دچار مخاطره کرده است. اگر چه این نظام ها در استفاده از نیروی کار از کارآیی بالایی برخوردارند، ولی در تبدیل انرژی فسیلی به فرآورده های کشاورزی بسیار ناکارا و ناپایدارند. همان گونه که دوور و تالبوت (1987)، می گویند، بهره وری بدون پایداری مانند برداشت از منابع پایه ای است که این نظام ها به آن وابسته اند. بنابراین جهت دهی پژوهش های اقتصادی با محوریت کشاورزی پایدار یعنی پژوهش هایی که کارآیی مصرف انرژی در تولید فرآورده های کشاورزی را به گونه ی چشم گیری افزایش دهد، یعنی پژوهش هایی که در پی یافتن انرژی های جای گزین و بهینه سازی مصرف انرژی و ایجاد نظام های کشاورزی پایدار پی ریزی شود. انجام این پژوهش ها با توجه به این که انرژی فسیلی در آینده به طور فزاینده ای کمیاب تر و گران تر می شود، از اولویت بالایی برخوردار است. در این مقاله، نخست مشکلات و چالش های فراوری کشاورزی پایدار بررسی شده و بر لزوم نگرش سیستمی به پژوهش های اقتصادی، پافشاری شده و سپس نارسایی ها و اولویت های پژوهش های اقتصادی برشمرده شده است