تجربه کشورهای پیشرفته نشان می دهد که تعیین اهداف راهبردی، ارزیابی عملکرد و به کارگیری نتایج به منظور بهبود عملکرد سازمان با رویکردی نظام مند، اصلی بسیار مهم در موفقیت سازمانهاست. ارزیابی عملکرد مراکز پژوهشی دفاعی و تعیین میزان موفقیت آنها در رسیدن به اهداف از پیش تعیین شده در راستای چشم انداز 20 ساله پژوهشهای دفاعی، تعیین و تخصیص بودجه، توسعه و تجهیز، حذف، ادغام یا رتبه بندی آنها یکی از دغدغه های اصلی مدیریت پژوهشهای دفاعی کشور بوده است. این تحقیق با هدف طراحی نظام مناسب برای ارزیابی عملکرد مراکز پژوهشی دفاعی انجام و تلاش شده است به منظور تحقیق اهداف نظام پژوهشهای دفاعی کشور، نظام ارزیابی عملکرد مناسبی برای مراکز پژوهشی دفاعی از طریق مطالعه پیشینه، شناسایی الگوهای موجود ارزیابی عملکرد سازمانهای پژوهشی و غیر پژوهشی، شناسایی ویژگیهای مراکز پژوهشی دفاعی، شناسایی نیازهای ذینفعان ارزیابی و نقد و اصلاح شاخصهای موجود طراحی شود. جامعه آماری این تحقیق مدیران و کارشناسان عالی شاغل در بخش ارزیابی عملکرد و بخشهای مرتبط بوده اند. نمونه آماری تحقیق 22 نفر بود. در این تحقیق از ابزار مصاحبه، پرسشنامه و جلسات مشورتی کارشناسی با حضور نخبگان استفاده شد. برای تحلیل داده ها از آزمون تی تک نمونه ای و تحلیل واریانس استفاده شد. با بهره گیری از ادبیات پژوهش الگوهای مختلف ارزیابی عملکرد بررسی و در نهایت، با استفاده از الگوی کارت امتیازی متوازن (BSC) نظام ارزیابی عملکرد مراکز پژوهشی دفاع طراحی و ارایه شد. نتایج تحقیق نشان داد که الگوی انتخاب شده برای ارزیابی عملکرد این مراکز دارای ویژگیهای جامعیت، سازگاری با استراتژیها، قابلیت بهبود مستمر، پویایی، اعتبار امتیاز دهی، سهولت به کار گیری و توازن است.