مقاله ارایه شده، گزارش پژوهشی درباره سازمان روحانیت در ایران می باشد. در چارچوب نظری مهمترین عناصر موثر در سازمان روحانیت را بر اساس دیدگاه صاحبنظران توضیح داده و در بخش روش شناسی به معرفی روش تحقیق عملی مشارکتی و چگونگی به کارگیری آن برای مطالعه سازمان روحانیت ایران پرداخته ایم. در بخش سوم مقاله نتایج حاصل از مطالعه میدانی انجام گرفته در حوزه های علمیه مشهد و قم را ارایه نموده ایم. بر اساس نظرات ارایه شده مشکلات درون سازمانی روحانیون به ترتیب عبارتند از: «مسایل مالی ـ اقتصادی»،«مسایل فرهنگی»، «مسایل آموزشی».