معماری مساجد در دوره های مختلف دستخوش تحولات گوناگونی بوده و هر دوره تاریخی ویژگی های خاص خود را نمایان کرده است. دوره خوارزمشاهی، دوره ای تاریخی است که محققان تاریخ معماری، به علت کوتاهی این دوره و حمله مغول، بعضاً ابنیه به جا مانده از آن را در شمار آثار سلجوقی یا ایلخانی آورده اند. با بررسی نمونه های دو دوره می توان دریافت، هرچند معماری خوارزمشاهی در استمرار معماری سلجوقی شکل گرفته، ولی پیروی کاملی از آن نداشته است. هدف پژوهش این است که با بررسی ویژگی های مسجد زواره و گناباد به عنوان بناهای شاخص دوران سلجوقی و خوارزمشاهی، به شباهت های معماری دو مسجد در دو دوره متوالی و تفاوت های معماری دو مسجد در دو اقلیم مختلف بپردازد. مسجد زواره به عنوان نمونه مطرح دوره سلجوقی در پایتخت سلجوقیان در شهر اصفهان واقع شده و مسجد گناباد همانند سایر مساجد خوارزمشاهی در منطقه خراسان قرار گرفته است. با مطالعه منابع کتابخانه ای، مبانی نظری به دست آمد و با استفاده از راهبرد توصیفی-تحلیلی به همراه روش مقایسه تطبیقی، ساختار فضایی و عملکردی دو مسجد موردتحلیل قرار گرفت. تحلیل تفاوت های موجود در دو مسجد، با مراجعه به منابع کتابخانه ای به روش استنباطی بررسی شد. براساس یافته های پژوهش، معماری دو مسجد، ویژگی های مشترکی هم چون: اهمیت جبهه جنوبی و ایوان های آن، نقش انتقال دهنده میانسرا از اتصال به وصول و استفاده از آجر دارند که در دوره سلجوقی و خوارزمشاهی دنبال شده است؛ اما این دو مسجد دارای تفاوت هایی در تعداد ایوان ها، نحوه جانمایی ورودی و شبستان و وجود و عدم وجود گنبدخانه و مناره، می باشند؛ در واقع، معماری مسجد گناباد به لحاظ فضایی و عملکردی، تشابهاتی با مسجد زواره دارد، اما در سازماندهی فضا دارای ویژگی های خاص خود است و باوجود مسجد زواره که با استفاده از گنبد و عناصر عمودی ابهتی کم نظیر دارد، از شیوه دو ایوانی و فاقد گنبدخانه که در اکثر مساجد خراسان رایج بوده، بهره برده است.
