دوره دوم حکمرانی کلبعلی خان از امرای متنفذ خاندان کنگرلو بر نخجوان (حک: 1219-1235ق/ 1804-1820م)، مقارن با جنگ های اول ایران و روسیه بود. او در آغاز این جنگ ها، به همکاری با سرداران نظامی روس پرداخت، اما در اثنای جنگ ایروان (1219ق/1804م)، به حکومت قاجاریه گرایش یافت. این سؤال مطرح است که: علل گرایش کلبعلی خان در آغاز جنگ به روس ها و سپس چرخش او به ایران و در ادامه تردید در همکاری با حکومت قاجاریه چه بود؟ این مسئله با تکیه بر مجموعه نسخ خطی مکاتبات خاندان کنگرلو و منابع تاریخی قاجار و اسناد روسی بررسی شده است. نتیجه آنکه کلبعلی خان برای مقابله با سیاست حذف و ادغام نخبگان محلی در ساختار حکومت یکپارچه ایران با هدف بقای سیاسی خود، به روس ها گرایش یافت که برآیند آن عزل او توسط آقامحمدخان از حکمرانی نخجوان بود. در مقابل، سیاست ملایم فتحعلی شاه توأم با وعده حکمرانی نخجوان و حضور گروگانی از خانواده او در دربار قاجار، به گرایش کلبعلی خان به حکومت ایران منتهی شد. البته این همکاری به علت رفتار مذبذب کلبعلی خان با بدگمانی متقابل استمرار داشت.