مدرسه (کاروانسرای) گنجعلی خان کرمان، یکی از بناهای شاخص کرمان در دوره صفویه است. آرایه های گچی ارزشمندی با شیوه های مختلف در این بنا اجرا شده است. ازجمله این آرایه ها، آرایه های گچی بوم ساب است که در اتاق شاه نشین در تمام اضلاع هم چنین سقف بنا اجرا شده است. از ویژگی های خاص این آرایه ها، رنگی بودن ملات در لایه های بستر زیرین و بستر رویی است که در سه رنگ قرمز، زرد و خاکستری قابل مشاهده است. لازم به ذکر است که در دوره های گذشته یک لایه اندود گچی بر سطح آرایه های گچی این بنا اجرا شده بوده که خوشبختانه در سال های گذشته، بخش زیادی از لایه الحاقی از سطح آرایه های گچی لایه برداری شده است. با توجه به متفاوت بودن این آرایه معماری ازنظر عمل آوری ملات رنگی و هم چنین فن اجرا و این که تاکنون مطالعه علمی دقیقی روی این آثار انجام نشده، در این مقاله ساختارشناسی ملات های رنگی این بنا انجام پذیرفته است. ازجمله پرسش های این پژوهش عبارتنداز: ملات های رنگی آرایه های گچی بوم ساب در این بنا دارای چه ساختاری است؟ فازهای اصلی و فرعی ترکیب ملات چیست؟ ماده رنگ زا در ملات های رنگی چه بوده است؟ در همین راستا اقدام به نمونه برداری شد (تعداد 7 نمونه) و آنالیزهای FT-IR, EDS, XRD برروی نمونه های مطالعاتی انجام پذیرفت که درکنار مطالعات میدانی به پرسش های پژوهش پاسخ داده شده است. نتایج حاص ل از پژوهش، گویای آن است که ملات گچ با فازهای اصلی ژیپس و انیدریت در لایه های مختلف استفاده شده است. هم چنین برای رنگی کردن ملات قرمز و زرد از اکسید آهن (گوئتیت) استفاده شده و برای ملات خاکستری از خاکستر و آهک استفاده شده است. هم چنین مواد آلی (استفاده جهت تغییر کیفیت ملات) در ساختار نمونه ها شناسایی نشد.