اندیشه خدا و چگونگی رابطه او با عالم خلقت همیشه یکی از مسائل مطرح در نظام های فکری جهان بوده است. رابطه از نوع صانع و مصنوع، محرک و متحرک، حلول و اتحاد، فیضان و صدور و رابط و مستقل از جمله دیدگاه های مطرح در این خصوص می باشد. علامه طباطبایی به عنوان یک حکیم نوصدرایی ضمن نقد نظر ملاصدرا مبنی بر «لمی»بودن برهان صدیقین اثبات می کند که این برهان «انی» و نسبت به سایر براهین «اشبه به لمی» است. ایشان با تقریری جدید از این برهان آن را صرفاً یک تنبیه و نه برهان می داند. علامه طباطبایی همین دیدگاه را در مباحث توحیدی خود در المیزان نیز دنبال می کند. تفسیر جدیدی از واژه حق در آیات قرآن را می توان یکی از نوآوری های تفسیری علامه طباطبایی دانست. ایشان در توضیح این آیات، وجود فقری ملاصدرا را مطرح نموده، معتقدند تنها خداوند «حق مطلق» بوده و ما سوی الله ظهورات حق و به بیان قرآنی آیات الهی هستند و آیه از خود چیزی ندارد جز ارائه ذی الایه و سایه هایی هستند که خورشید حق را ارائه می دهند و بدون لحاظ حق هیچ و پوچ اند. از این منظر خداوند از حیث معرفتی تصوراً و تصدیقاً «ابده بدیهیات» بوده، سایر پدیده ها ذیل بداهت حق شناخته می شوند.