منطقه سیستان بدلیل خشکسالی های دو دهه اخیر دچار معضلات فراوانی در بخش کشاورزی شده است. این در حالیست که نظام فناورانه و دانش بنیان در طرح های مختلف از سوی سازمان ها و ارگان ها برای این منطقه پیش بینی شده است. از این رو در این مطالعه موانع توسعه نظام دانش بنیان و فناورانه روستایی در بخش کشاورزی منطقه سیستان مدنظر می باشد. این هدف با استفاده از رویکرد سیستم پشتیبان تصمیم (DSS) و نظرات خبرگان بررسی گردید. بر اساس نتایج بدست آمده، موانع توسعه دانش بنیان با 27 درصد بیشترین مقدار را به خود اختصاص داده است. از اینرو پیشنهاد می گردد سازمان های مربوطه سیاست گذاری خود را در تسهیل انتقال فناوری نوآورانه به بخش کشاورزی در منطقه سیستان مورد توجه جدی تر قرار دهند. همچنین کاهش قوانین سخت و دست و پا گیر در این زمینه می تواند کمک شایانی به انتقال فناوری به بخش کشاورزی نماید.