مهمترین چالش ها عبارتند از: تمرکز و عدم تخصیص به موقع منابع مالی و اقتصادی به مدارس ابتدایی چند پایه عشایری غیر کوچ رو، پراکندگی و محرومیت مرزی و جنگی منطقه و وجود مدارس ابتدایی چند پایه متعدد روستایی و عشایری و دور دست از مرکز منطقه، عدم مشارکت فعال و همکاری لازم و کافی و به صورت سازمان یافته نهادها، اداره ها، سازمان ها و شرکت های نفتی و تاسیساتی منطقه در کمک و مساعدت های مالی، عدم مشارکت فعال و همکاری سازمان یافته لازم و کافی برخی از والدین متمول و خیرین در کمک های مالی به مدارس چند پایه، نبود یک سند و یا منشور واحد در خصوص تخصیص و اصلاح الگوی مصرف بهینه در مدارس ابتدایی چند پایه عشایری کوچ رو ، نبود ساز و کارهای مشخص حمایتی، اعتباری و مالی نظیر: صندوق های مالی و حمایتی، صندوق های وام های کلان و خرد، سهم خواهی برخی از مدیران مدارس ابتدایی چند پایه عشایری غیر کوچ رو در جهت تخصیص بیشتر منابع مالی و بودجه ای به مدارس تحت مدیریت خود، نبود یک برنامه مدیریتی در خصوص ارائه و فروش محصولات و تولیدات صنایع دستی و هنری عشایری محلی مدارس، بالا بودن هزینه های جاری در مدارس ابتدایی چند پایه عشایری غیر کوچ رو و عدم تطبیق محاسبه آنها با سایر مدارس، نبود عزم جدی در خصوص اجرای سند تحول بنیادین و ضعف در اطلاع رسانی در خصوص ابعاد مالی و اقتصادی سند تحول بنیادین به جامعه هدف عشایری
