طبیعت گرایی روش شناختی یکی از پیش فرضهای محوری کنونی علوم تجربی است. نه تنها طبیعت باوران که بسیاری از خداباوران علم گرا نیز حامی طبیعت گرایی روش شناختی در علم و در رابطه با جهان طبیعی هستند. اما اگرچه در بدو امر دفاع از طبیعت گرایی روش شناختی در علم متین و موجه به نظر می رسد، اما خصوصا در مواردی که امکان ارائه ی تبیین های غیر طبیعت گرایانه متکی بر شواهد تجربی وجود دارد، اصرار بر طبیعت گرایی روش شناختی حالت ایدئولوژیک به خود می گیرد و اصولا نزاع بر سر طبیعت گرایی روش شناختی در این موارد است. در این مقاله پس از تبیین چیستی و اهمیت طبیعت گرایی روش شناختی، مسئله ی فراروی طبیعت گرایی روش شناختی و لزوم تعیین محدوده ی آن تبیین شده و در ادامه ارتباط آن با طبیعت گرایی هستی شناختی بیان می گردد. سپس طبیعت گرایی روش شناختی مورد بررسی قرار گرفته و نشان داده می شود که طبیعت گرایی روش شناختی نه تنها از لحاظ الهیاتی در تعارض با امکان فاعلیت خداوند و علیت غیرمادی است که به لحاظ علمی و فلسفی هم محل سوال است و نباید آن را به صورت پیشینی پذیرفت. بر این اساس علم چنانچه به دنبال کشف حقیقت عالم است، نباید به طور پیشینی امکان بررسی نظریاتی را در مورد جهان سلب نماید که تنها متکی بر مکانیزم های مادی نیستند و در پیدایش و پیشرفت جهان از مفاهیم فرامادی سخن می گویند.
