استقلال قاضی، ضامن دادرسی سالم است. مشهور فقها انصراف قضاوت را برای مجتهد دانسته و حکم وی را لازم الاجراء می دانند. اما طبق تبصره ماده 3 قانون آ.د.م: «چنان چه قاضی مجتهد باشد و قانون را خلاف شرع بداند، پرونده به شعبه دیگری جهت رسیدگی ارجاع خواهد شد»، به نظر می رسد استقلال علمی و عملی قاضی مجتهد با چالش مواجه شده است. نگارندگان معتقدند جلوگیری از تصمیم گیری قاضی مجتهد بدون هیچگونه تخطّی وی از اصول قضاوت، به صِرف خلاف شرع دانستن قانون، با استقلال قاضی تعارض دارد. تالی فاسد های این امر، انزوای اجتهاد در فرایند دادرسی، تقدیم مفضول بر فاضل و وهن شأن والای مجتهد است. بنابراین، با تعمّق در مستندات نقلی و عقلی، راهکار قانونگذار در تبصره به عنوان تنها راه برون رفت از چالش، ردّ شده و راهکار ارجاع موضوع به شورای نگهبان یا شورای فقهی یا فتوای فقیه اعلم، به عنوان مرجع صالح تشخیص مطابقت یا عدم مطابقت قوانین با شرع پیشنهاد گردیده است.