تجربه مسلمانان در زمینه حفظ هویت اقلیت ها برگرفته از حقوقی است که از دیرباز برای اقلیت های عمده مذهبی قائل شده اند که یکی از آنها پذیرش یک نوع خودمختاری به ویژه خودمختاری قضایی در برخی امور داخلی و نیز قوانین خانواده بوده است. این مقاله ضمن اینکه ارائه هرنوع خودمختاری قضایی به اقلیت ها را اصالتاً امری مثبت ارزیابی می نماید، آثار تبعیض آمیزی که ممکن است به هنگام پذیرش این نوع خودمختاری برای آنها در موارد تعارض بین قوانین مدنی کشور و یا قوانین مذهبی اکثریت با قوانین مربوطه اقلیت ها بروز نماید را به صورت مقایسه ای در قوانین و رویه قضایی کشورها مورد بررسی قرار داده است. جهت بررسی دقیق تر موضوع این نوشتار تبعیض را به دو نوع تبعیض مستقیم و تبعیض غیرمستقیم تفکیک می کند؛ تمایزی که در ادبیات حقوق بشر کمتر مورد توجه قرار گرفته است.
از این حیث نمی توان میان افراد تفاوت قائل شد؛ دو نتیجه مهم در روابط داخلی و بین المللی پدیدار می شود: نخست اینکه، شهروندی نماد هویت ملی همه اشخاصی به شمار می آید که در آن کشور ساکن هستند؛ دوم اینکه، با کمی دقت می توان دریافت که در برخورداری از حقوق بنیادین و مطالبه آن برای تمامی انسان ها در یک کشور، تفاوتی میان اتباع و دیگر افراد وجود ندارد. هر چند هر دو فرض به نوعی با چالش روبه رو هستند، در این مقاله مبانی نظری و آثار حقوقی و اجتماعی آنها بررسی خواهد شد.