تفسیر علمی همزمان با آشنایی مسلمانان با معارف و دانش های دیگر جوامع و رشد و شکوفایی علمی در قرون سوم و چهارم رونق زیادی داشته است. استفاده از دستاوردهای علمی بشری با هدف اثبات اعجاز قرآن و نیز فهم بهتر آیات الهی در میان مسلمانان امری پذیرفته شده بود و بسیاری از دانشمندان و مفسران مسلمان به همین شیوه عمل کرده اند. سید مرتضی(۳۵۵- ۴۳۵هـ .ق) یکی از قله های فقه و کلام و تفسیر و ادب شیعی است. او دانشمندی عقل گرا و پیرو مکتب اصالت عقل است. در نظر او عقل مبنا و ملاک معرفت و شناخت جهان است.پایبندی سید مرتضی به رویکرد عقلی به دین چنان است که در طرد هر گزاره یا عقیده دینی مغایر با دلیل مسلم عقلی تردیدی به خود راه نمی دهد. درنظر او عقل مقامی همچون وحی دارد تا آنجا که می توان گفت که خداوند به وسیله دلایل عقلی با ما سخن می گوید و به حقایق رهنمون می سازد. یکی از نتایج عقل گرایی سید مرتضی، التزام به دستاوردهای مسلم و قطعی علم تجربی در فهم آیات قرآن است.او را می توان یکی از معتقدان به تفسیر علمی به معنای معتدل آن دانست که از دستاوردهای علمی زمان خود در فهم آیات و روایات بهره برده است. اساساً یکی از ملاک های او در ضرورت تاویل یک روایت یا یک آیه، عدم انطباق آن با قواعدی بوده که از نظر عقل و دانش زمان خویش مسلم انگاشته می شده است.
