حکومت ایلخانان مغول با آمدن هلاکوخان به ایران آغار شد منگوقا آن، خان مغول به علت شکایتهایی که از سوی حکام مغولی ایران و علمای اهل تسنن- ازجمله قاضی شمس الدین قزوینی و مسیحیان در گیر در جنگ های صلیبی با مسلمانان رسیده بود، قدرت اسماعیلیان و خلافت عباسی را برای بقای مغولان خطرناک دانسته، هلاکو، برادرش را مامور نمود تا به سوی ایران لشکر کشیده، هر دو نیرو را براندازد. شیعیان اثنی عشری که در طول تاریخ هم از اسماعیلیان و هم از عباسیان ناملایمات سیاسی و مذهبی بسیاری تحمل کرده بودند، هلاکو را در هر دو مورد یاری رساندند. خواجه نصیرالدین طوسی از یک طرف از عوامل درونی نابودی اسماعیلیان به شمار می رود- که رکن الدین خور شاه را تشویق به تسلیم شدن نمود- و از طرف دیگر از عوامل بیرونی نابودی خلافت عباسی نیز محسوب می شود. هر چند هلاکو به قصد براندازی عباسیان از مغولستان رهسپار غرب شده بود، ولی تشویق و تحریک خواجه نصیرالدین- در مقابل عواملی که هلاکو را در انجام ماموریت دچار تردید می کردند- نقش موثری داشت و ابن علقمی، وزیر شیعی مستعصم، خلیقه عباسی- نیز از درون زمینه های براندازی خلافت را فراهم آورد. با برافتادن خلافت عباسی هرچند کل اسلام در معرض خطر قرار گرفت، شیعیان به علت روحیه تساهل و تسامح مذهبی ایلخانان- که ناشی از نداشتن اصالت در اعتقادات دینی بود- توانستند رشد یابند و بارور شوند وبه ثمر نشینند. ایلخانان تحت تاثیر کارگزاران مسلمان خود، نه تنها اسلام آوردند، بلکه در دوره غازان و اولجایتو، تحت تاثیر امیر، وزیر و علمای اهل تشیع، به عقاید شیعی نیز گرایش یافتند و اولجایتو برای مدتی کوتاه به تشیع گروید. شیعیان در پایان این دوره با بنیانگذاری حکومتی شیعی در بخشی ا ز خراسان، راه گسترش تشیع را هموارتر نمودند.
