بروز چالش های اخیر در وضعیت منابع آبی حوضه آبریز زاینده رود، منجر به آن گردیده است که زاینده رود نیز از آلودگی آب در امان نماند و تامین آب با کیفیت مناسب به عنوان یک چالش اساسی در این حوضه محسوب گردد. از این رو ارائه یک الگوی کشت هدفمند از طریق کاهش اثرات جانبی آلودگی مصرف آب ناشی از فعالیت های کشاورزی برای حوضه آبریز رودخانه زاینده رود می تواند نقش موثری در مدیریت کمی و کیفی منابع آب حوضه ایفا نماید. برای این منظور مدل شبیه سازی هیدرولوژیکی (مدل WEAP) با مدل بهینه یابی اقتصادی تلفیق و در مرحله ی بعد، اثرات جانبی آلودگی آب با استفاده از مدل SWAT شبیه سازی و به عنوان ورودی و یک محدودیت زیست محیطی به مدل یکپارچه سطح حوضه اضافه شده است. داده های مورد نیاز این الگو به سه شیوه تحقیق پیمایشی، مطالعات و گزارشات اسنادی و استفاده از نظرات کارشناسان و خبرگان طی سال های آماری 91-1390 جمع آوری شد. نتایج پارامترهای هیدرولوژیکی در الگوی بهینه اقتصادی نشان داد که می توان با بکارگیری سیاست های حفاظت منابع آب، اثرات تغییر اقلیم در منطقه را تعدیل بخشید. همچنین مقایسه الگوی بهینه اقتصادی و اقتصادی-زیستی نشان داد که می توان ضمن بهبود بازده برنامه ای به میزان 12 میلیون ریال، میزان تلفات نیترات کمتر از حد مجاز در سطح حوضه را تحقق بخشید.