یکی از موارد مناقشه برانگیز در خصوص اختیارات شوراهای اسلامی شهر، امکان تدوین آیین نامه داخلی، با وجود آیین نامه مصوب شورای عالی استان ها است. اهمیت ماجرا از آن روست که این آیین نامه، بدون در نظر گرفتن جمعیت، مساحت، ویژگی های کالبدی، مناسبات محلی و... برای همه شهرها، متن و احکامی واحد را (در 25 ماده) مصوب کرده است؛ در صورتی که الگوی عمل بر اساس هر یک از این متغیرها تفاوت هایی خواهد داشت که اگر مورد توجه قرار نگیرد، هم دور از فرض «حکیم بودن قانون گذار» است و هم موجب اختلال در حسن اجرای امور می شود. بر این اساس، متن موجود با روش توصیفی-تحلیلی و با توجه به قوانین و مقررات، آرای صادره از جانب محاکم صالحه، دکترین و رویه های جاری، به امکان سنجی قانونی تصویب آیین نامه داخلی اختصاصی توسط شوراهای اسلامی شهر می پردازد. بر اساس یافته های این پژوهش، در این باره قانون به صورت حصری و یا حتی مشخص وظیفه وضع آیین نامه داخلی را بر عهده نهادی قرار نداده است و نمی توان به موجب ورود شورای عالی استان ها این امکان را از شوراهای شهر سلب کرد. با توجه به این مهم، در انتهای پژوهش راهکارهای قانونی تصویب این سند توسط این شوراها ذکر شده است.
