شیوه یاقوتی قلم نسخ از طریق پیروان ایرانی یاقوت، متأثر از درک زیبایی شناختی ایرانیان ابتدا در تبریز (عبدالله صیرفی) و شیراز (یحیی صوفی) و سپس در اوایل قرن نهم ق. درهرات (شمس بایسنقری و...) مراحل تکامل را پیمود. در نیمه دوم قرن نهم ق. مراکز فعال قلم نسخ، هرات، شیراز، بغداد و تا حدی تبریز هستند. خوش نویسان مهمی مانند قطب مغیثی، زین العابدین شیرازی، شیخ محمود هروی، عبدالله هروی (طباخ) در مراکز تأثیرگذارند. البته مهم ترین مرکز هرات است و این خوش نویسان به نوعی متأثر از جریان شکل گرفته در هرات هستند. با سقوط سلسله تیموری و انتقال مرکز به تبریز، با تعدد مراکز خوش نویسی روبه رو هستیم. هرات، شیراز و تبریز دیگر مانند دوره تیموری در ارتباط تنگاتنگ نیستند. تعدد مراکز با رویکردهای تقریباً مستقل، از عوامل شکل گیری شیوه های منطقه ای در قلم نسخ است. عامل مهم دیگر، قوت گرفتن خط نستعلیق از طریق ظهور نهضت تولید نسخه های خطی آثار ادبی فارسی است، که مرکز توجه کاتبان را از قلم نسخ معطوف به قلم نستعلیق می کند. عدم توجه به قلم های محقق و ریحان نیز از نیمه دوم قرن دهم ق. در تحولات قلم نسخ مؤثر است. در اثر عوامل مزبور و افول جایگاه هرات به عنوان مرکز تأثیرگذار شیوه کلاسیک یاقوتی، قلم نسخ پس از عبدالله طباخ دیگر شیوه غالب نیست. در شیراز متأثر از سنت نسبتاً مستقل دوره های پیش شیوه های نو در آثار خوش نویسانی مانند روزبهان، فخار و... پدید می آید. مرکز مهم خوش نویسی در قرن دهم ق. تبریز است و مهم ترین خوش نویس قلم نسخ علاءالدین تبریزی. او ابتدا به شیوه یاقوتی می نویسد؛ اما در روند تحول به شیوه مستقل خود دست می یابد. این دوره پایانی است بر سنت کلاسیک یاقوتی در ایران. هرچند انحراف از شیوه یاقوتی پیش از او در خوش نویسان شیراز آغاز شده بود. شیوه نو در قدم اول در شاخصه هایی از جمله نسبت اندازه قلم با اندام حروف، ضعف و قوت و دور و همچنین تأثیرپذیری از قلم ثلث از شیوه یاقوتی فاصله می گیرد. البته این نظر ضمن تردید در اصالت برخی آثار منسوب به علاءالدین ارائه می شود. زیرا او هم نامی داشته که زمینه این تردید را فراهم می کند. به نظر می رسد مکتب ایرانی قلم نسخ، حدود یک سده بعد در اصفهان، از تلفیق شیوه او با سنت نسخ نویسان شیرازی زاده می شود.