مرحله اول این پژوهش از طریق راهبرد پیمایش و با هدف شناسایی جهتگیریهای راهبردی صورت گرفته است. جامعه آماری تحقیق در این مرحله کلیه محققان سازمان تحقیقات و آموزش کشاورزی را شامل شده است. با استفاده از فرمول کوکران و از طریق روش نمونهگیری چندمرحلهای، 152 محقق جهت تکمیل پرسشنامه تهیه شده به عنوان ابزار تحقیق انتخاب گردید. با استفاده از نرمافزار SPSS 10، دادههای گردآوری شده از طریق تحلیل عاملی اکتشافی مورد تحلیل قرار گرفت. در نتیجه، پنج عامل با عنوان تسهیل توسعه پایدار کشاورزی، ساماندهی نظام ملی تحقیقات کشاورزی، اصلاحات نهادی، ظرفیتسازی و بهسازی کارکردی استخراج شد که رویهمرفته 68/72 درصد واریانس کل را تبیین نمودهاند. در مرحله دوم با استفاده از فرآیند تحلیل سلسله مراتبی، عاملهای استخراج شده مورد اولویتبندی قرار گرفت. بدین منظور، از طریق مرور پیشینه مربوطه و نقطهنظرات کارشناسان امر، سه معیار شامل میزان مناسبت، امکانپذیری و اثربخشی استخراج شد. یافتههای این مرحله حاکی از این است که تسهیل توسعه پایدار کشاورزی، ساماندهی نظام ملی تحقیقات کشاورزی، ظرفیتسازی، اصلاحات نهادی و بهسازی کارکردی به ترتیب با کسب میانگین موزن 356/0، 308/0، 162/0، 104/0 و 070/0 اولویتهای جهتگیری راهبردی در بهسازی نظام تحقیقات کشاورزی ایران به شمار میروند.