کمیسیون رسیدگی به امور آب های زیر زمینی در سال 1389 با تصویب قانون ابهام برانگیز تعیین تکلیف چاه های آب فاقد پروانه بهره برداری موقعیت قانونی یافت. ظاهراً فلسفه اساسی از تأسیس مرجع شبه قضایی مزبور، رسیدگی و تعیین تکلیف چاه های آب فاقد پروانه محفوره قبل از سال 1385 بوده، اما در قانون تعیین تکلیف صلاحیت های دیگری نیز بر آن افزوده شده است. روش پژوهش، توصیفی- تحلیلی و روش گردآوری اطلاعات، کتابخانه ای و مطالعه آرای قضایی است. هدف پژوهش شناسایی چالش های قانونی و اجرایی کمیسیون، علل نقض آرای کمیسیون در دیوان عدالت اداری و یافتن راهکارهای مناسب است. نتایج پژوهش نشان می دهد، عمده ترین چالش های کمیسیون به ابهامات قانون تعیین تکلیف در خصوص صلاحیت کمیسیون و مستند و مستدل نبودن آرای کمیسیون برمی گردد. لذا به منظور لزوم رعایت اصول دادرسی عادلانه در خصوص حقوق شهروندان و لزوم جلوگیری از بروز تبعات سیاسی و اجتماعی آب، علاوه بر رفع ابهامات حدود صلاحیت قانونی این مرجع، کمیسیون می بایست در صدور آرا علاوه بر رعایت شرایط قانونی قانون تعیین تکلیف، آرایی متقن و مستدل صادر کند تا موجبات نقض در دیوان و تضییع حقوق شهروندان فراهم نشود.
