یکی از خلأهای موجود در مسیر تولید علوم انسانی اسلامی را می توان فقدان روش های تحقیق کاربردی دانست که از مبانی صحیحی برخوردار باشند. با توجه به این که یکی از منابع مهم نقل پژوهی در حوزه مطالعات میان رشته ای، قرآن کریم می باشد لذا لازم است، روش پژوهش برای تحقیقات موضوعی در قرآن تبیین شود. بر این اساس در نوشتار حاضر تلاش شد تا روش تحقیق موضوعی در قرآن کریم بر مبنای تفسیر قرآن به قرآن که به عنوان بهترین شیوه تفسیر قرآن کریم شناخته می شود برای این نیاز ارائه شود. در ابتدا به تبیین مبانی روش تحقیق پرداخته شد و بحث های مبنایی در خصوص تعریف دین، نسبت میان عقل و نقل به عنوان اجزای دین، نسبت میان کتاب و سنت به عنوان اجزای نقل، دامنه نقل، رابطه میان مسایل علوم انسانی اسلامی و علوم انسانی متعارف و... ارائه شد. یکی از غفلت-هایی که در حوزه نقل پژوهی وجود دارد عدم برقراری تناسب میان دامنه معارف نقلی و مسایل مورد پژوهش است. این امر باعث می شود تا موضوعی که خارج از دامنه نقل قرار دارد بی جهت بر آن عرضه شود. در نهایت با بیان برخی از این نکات مهم در مواجهه با نقل، الگویی کاربردی که از هشت گام تشکیل می شود برای پژوهش موضوعی در قرآن کریم ارائه گردید.
