یورش مغولان که با کشتارهای فجیع و ویرانی های عظیم همراه بود، تمدن اسلامی را تا آستانه نابودی کامل کشانید. نابودی مراکز علم و دانش، کتابخانه ها، کشتار دانشوران و طلاب، مهاجرت و گریز بسیاری از ایشان به اکناف و اطراف دنیای اسلام دور از چپاول مغول گوشه ای از ضربات این بلیه ی تاریخی محسوب است.
از دیگر سوی با اتمام سیل ویرانگر فتوحات مغولی و در سایه ی تساهل مذهبی مغول و البته برافتادن تسلط مذهبی خاندان عباسی و فروماندن مذهب اهل تسنن از پشتیبانی بی شرط و قید دستگاه خلافت، مذهب تشیع به فرصتی تاریخی دست یافت تا آزادانه در معرض تبلیغ و نشر قرار گیرد. در کنار تمام عللی که بر گسترش تشیع در این عهد عنوان شده اند، بر نقش مناظرات آزاد مذهبی میان ارباب مذاهب و پیروزی علمای شیعی در برابر رقیبان اهل سنت خویش در پرتو دانش و منطق،خاصه در منابع شیعی تاکید رفته است. این نوشته با صحه گذاشتن بر چنین روندی در پی آن است که نشان دهد، ضربات جبران ناپذیر مغول بر بنیان های دانش و مراکز پژوهش و مدارس و ویرانی شهرها و مراکز تمدنی، فضایی از رکود علمی پدید آورد که قربانیان اصلی آن جامعه ی علمی اهل سنت و اسماعیلیان بودند. جامعه ی تشیع اما تیزبینانه با نزدیکی به حاکمیت مغولی و اظهار ایلی و مصون ماندن از هم پاشیدگی کامل، نیز حتی المقدور، مشارکت یا سهیم شدن در قدرت، خود را تا حد زیادی از این فروپاشی رهانید. تاکید این مقاله نیز به واقع بر آن است که در گسترش تشیع در این عهد در میان تمام اسباب دیگر این رکود علمی جامعه را نادیده نباید گرفت.