در فرایند تقریب مذاهب اسلامی چالش ها و موانع بسیاری وجود دارد. بر اساس نظریه «وحدت در عین کثرت» می توان این چالش ها و تهدیدات را به فرصت تبدیل کرد و یا از آنها عبور نمود. حوزه های علمیه شیعه و مدارس دینی اهل سنت به دلیل خواستگاه تاریخی و پایگاه علمی – دینی شان می توانند نقش مهم و ویژه ای در تقریب میان مذاهب اسلامی و اتحاد حداکثری میان مسلمانان و رفع چالش های موجود میان مذاهب ایفا نمایند. در این خصوص، حوزه های علمیه دو کارکرد متفاوت سخت افزاری و نرم افزاری خواهند داشت. نوشتار حاضر در پی آن است تا ابعاد و زوایای این دو کارکرد را تجزیه و تحلیل نموده و در قالب سه مبحث این رسالت را به انجام رساند.