آلوین پلانتینگا درباره رابطه علم و دین، از اوایل قرن بیست ویکم دیدگاهی متفاوت نسبت به دیدگاه قبلی خود ارائه کرده است. خلاصه دیدگاه دوم او چهار ادعای ذیل است: 1. همه تعارضات معروف میان علم و دین یا غیرواقعی هستند یا سطحی. 2. توافق عمیقی میان علم و دین وجود دارد. 3. همه توافقات معروف میان علم و طبیعت گرایی سطحی است. 4. تعارض عمیقی میان علم و طبیعت گرایی وجود دارد. درخصوص تکامل و فیزیک کلاسیک ادعای تعارض می شود، ولی تعارض آنها با دین واقعی نیست. در روان شناسی تکاملی و نقد کتاب مقدس، علم و دین تعارض دارند، ولی این تعارض سطحی است و علم به علت آنکه شواهد مبنا و متفاوت از دین دارد، نمی تواند ناقض آن باشد. نظریه «تنظیم دقیق» و «طراحی هوشمند» بخش هایی از علم هستند که می توانند برای باور دینی زمینه سازی کنند. همچنین پذیرش هماهنگ تکامل و طبیعت گرایی موجب بی اعتباری معرفت به آنها می شود و از این رو علم و طبیعت گرایی تعارض عمیقی دارند.
