مشروعیت از قدیمی ترین و اساسی ترین مباحث نظام های سیاسی است. مسئله مشروعیت بدان دلیل اهمیت دارد که دوام نظام های سیاسی به آن وابسته است؛ لذا هر حکومتی می کوشد مشروعیت خود را مستحکم کند تا دچار سستی نشود. از طرفی در اندیشه سیاسی امام خمینی عنصر عقل بسیار برجسته است؛ لذا ایشان در بحث مشروعیت سیاسی حاکمیت نیز مهم ترین ادلّه را دلیل عقل می داند. حتی در بحث شاخص های شیوه اجتهادی امام، مؤلفه دلیل عقل در مشروعیت سیاسی ایشان، بسیار برجسته می نماید. مبانی فقهی و اصولی امام خمینی یکی از عوامل اثرگذار در اندیشه سیاسی ایشان محسوب می شود. بسیاری از مباحث بدیعی که ایشان در فقه سیاسی ارائه کرده اند، به دلیل بهره گیری از دلیل عقل در استفاده از منابع است. در کارکردی دیگر، در نگاه امام خمینی با دلیل عقل می توان قواعد فقهی را با مستحدثات و مسائل روز تطبیق داد. کشف بسیاری از قواعد فقهی و کاربرد آن ها در بُعد سیاسی نتیجه کارکرد عقلی امام است؛ بنابراین امام در شناخت مناطات و ملاکات احکام در روش عقلی خود به تحلیل و تطبیق مسائل حادث روز با قواعد فقهی می پردازد و بدین سان نظریه سیاسی ولایت مطلقه فقیه و برپایی نظام حکومتی اسلامی شکل می گیرد.
