کتاب الهیات شفا در قیاس با آثار مابعدالطبیعی پیش از آن، علاوه بر ابداعات محتوایی، دارای نظام و ساختاری متمایز و اصیل است. گذشته از نظر ابن سینا در مقدمه منطق شفا، پژوهش های برخی پژوهندگانِ فلسفه سینوی نیز، بر چنین دستاوردی دلالت دارد. بازشناسی و فهم بنیان ها و اضلاع معرفتی این ساختار، از آن جهت که می تواند پرده از عمق، گستره و نوع نگاه ابن سینا در تأسیس مابعدالطبیعه ای با وجوه متمایز و ممتاز بگشاید، ارزشمند و ضروری است. هدف این جُستار، توصیف، تحلیل و تبیین ساختار علم مابعدالطبیعه در این اثر سترگ ابن سیناست. از این رو، ابتدا با تحلیل مفهوم کلی ساختار و با تکیه بر علم شناسی ابن سینا، ساختار علوم برهانی در چهار سطح قضیه ای، حدی، قسمی و تألیفی دسته بندی و سپس با توجه به آن، ساختار الهیات شفا در همه سطوح، توصیف و تحلیل شده است. مطابق این بررسی، ساختار علم الهیات در سطح قضایا، اصل موضوعی، در سطح حدود، درختی، و در سطح قسمی و تألیفی، خطی است. نتیجه تحقیق نشان می دهد که دو عامل مبناگرایی و ذات گرایی از دو حیث معرفت شناختی و هستی شناختی به ترتیب بر آفرینش ساختار اصل موضوعی قضایا و ساختار درختی حدود الهیات شفا تأثیرگذار هستند. همچنین، منطق پرسش نیز، به عنوان عامل روش شناختی، در ساختار اصل موضوعی علم الهیات مؤثر است.
